京城之内战斗打响的同时，京城内的战斗也全面展开。天策门发来的信号之后，西军的人马立即向天策门方向发起进攻，但却被刘铭传的人马阻挡不前。

而程学启部却趁虚拿下湘王府，将曾国一家老小尽数擒获。与此同时，埋伏在城中的各处东军先发制人，迅速的抢占了西军文官武将的府邸。

而从上海赶来的训导师一个团则抢占了江岸数处渡口，使得集结在北岸的数千西军无法渡河。

曾纪泽在杀了湘王曾国荃后，取其人头悬于天策门之外，并同时对外宣布了湘王多般罪状，以皇帝的命义下旨，只要西军各部放弃抵抗，朝廷将概不追究，否则，但凡继续参与抵抗者，将按照叛乱罪论处，诛灭九族。

西军上下见曾国荃人头落地，战斗之心立马凉了半截，再得知朝廷恩威并施的旨意之下，除了少部分死忠的党羽之外，大部人马立时土崩瓦解，有的怕秋后算账，逃出了京城，有的心惊胆战，窝在家里不敢出门。

其余尚未抵京西军，听闻湘王死讯和朝廷旨意，同样是一哄而散，各将率兵自归原地，一边向朝廷上表以表忠心，一边又看形势而动。

在南京兵变后的第二天，纪泽已经全面控制了南京城，大批的东军源源不断的调入，以加强南京周围的防务。同时，他再以皇帝的名义下旨，安抚城中的西系人马。

三天之后，皇上下旨，宣布太子监国，总理军国大事，曾纪泽以监国名义下旨，将全国军队营一级以上军官官衔提升一级。同时，将全国有爵位者提升一级，如李鸿章苏州侯，却被改封为闽国公，刘铭传的伯爵被加封为了侯爵。

关键之处就在于，这样大规模的官进爵不局限于东军，同样也囊括了北军与西军，如此一来，无疑给这些惶惶不可终日的家伙们打了一针安定。

江南数省紧绷的局势，很快就平伏下去，各地的西系文武们都在庆祝自己加官进爵然忘记了对他们“恩重如山”的湘王则已命丧黄泉。

当然，也有不识务者，如江西的提督李保全，此人便公然树起“勤王”大旗，占据南昌城召天下兵马入京为湘王报仇。

尽管响者寥寥无几，但曾纪泽也不敢轻视，迅速的做出了应对。他勒令福建的陈庆国部迅速北上，三天之内兵临南昌城下，打了李保全一个措手不及，几个小时便攻下了南昌城杀李保全及其反众四千余人。

为了杀鸡儆猴，曾纪泽授意陈庆国对南昌城进行了清洗，将叛众军属及南昌地富户近五万余人统统坑杀。在恩威并济、军事打击与政治利诱的双管齐下之下，反抗之声很快便销声匿迹。

一个月之后当朝廷内外的形势基本稳定之后，曾纪泽便利用他监国的权力始了全国范围内的军队整编。

首先，他将全国军队缩减到三十万人三十个师，其中二十六个步兵师、一个炮兵师、一个空军师、一个海军陆战师，以及海军两万人。

其中，西军裁撤二十万人，只留下九万精壮，北军基本裁撤殆尽，只留三万人马，东军不缩反增，由原来的十万增加到十八万。

将大明分为五大军区，其中北京军区，驻扎六个步兵师，主要针对尚未统一的关外满洲、外蒙古，以及蠢蠢欲动的沙俄。