大家决定让小叮当、大雄、胖虎、小夫和静香先带着公孙策通过时空穿越门回到过去，看看能否找到解除控制的方法，而包拯、展昭、林羽、灵儿、王朝马汉张龙赵虎以及成龙、小玉、特鲁、老爹则留下来继续研究当前的情况，寻找其他线索。

小叮当等人带着公孙策穿越到了北宋时期。他们在大街上遇到了包拯年轻时的样子，那时候的包拯还没有成为闻名天下的包青天。

小叮当向包拯说明了来意，包拯虽然感到十分惊讶，但还是决定帮助他们。

然而，他们的行动引起了当地一些恶势力的注意。这些恶势力竟然与黑暗博士有着千丝万缕的联系。

在躲避恶势力追捕的过程中，胖虎不小心弄丢了时空穿越门的遥控器。没有了遥控器，他们无法回到原来的时间。

另一边，包拯等人发现了黑暗博士的一个秘密实验室。在实验室里，他们找到了一些关于时空穿越技术的资料，似乎黑暗博士正在利用这种技术改变历史，以达到他的邪恶目的。

就在他们焦急地寻找小叮当等人时，小夫突然灵机一动，想到可以利用实验室里的材料制作一个简易的时空穿越装置。

经过一番努力，简易装置终于制作完成。包拯等人成功穿越到了北宋，与小叮当他们会合。

众人汇聚后，包拯凭借着他的智慧和推理能力，逐渐揭开了黑暗博士阴谋的一角。原来，黑暗博士企图改变历史，让某个重要的历史事件朝着有利于他的方向发展。

在这个过程中，还发生了许多搞笑的事情。比如，胖虎因为贪吃，差点误了事；小玉则利用自己的功夫，与展昭一起教训了那些恶势力。

最终，包拯等人找到了黑暗博士在北宋时期的爪牙，并成功阻止了他们的阴谋。同时，也找到了让公孙策恢复正常的方法。

随着一道光芒闪过，众人成功回到了现代。他们感慨万分，这次的冒险不仅充满了惊险刺激，还让他们对历史和未来有了更深的认识。

然而，他们还没来得及喘口气，就发现周围的环境有些不对劲。原本熟悉的实验室变得一片狼藉，到处都是闪烁着诡异光芒的仪器碎片。

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“这是怎么回事？”林羽惊讶地问道。

包拯眉头紧锁，若有所思地说：“恐怕我们回来的并非是我们离开时的那个现代。”

就在这时，一个神秘的声音在他们耳边响起：“哈哈，你们逃不出我的手掌心！”

众人一惊，四处寻找声音的来源。只见一个黑影从角落缓缓走出，竟然是黑暗博士的得力助手——邪恶女科学家艾莉丝。

艾莉丝冷笑道：“你们以为穿越时空就能摆脱黑暗博士的掌控？太天真了！这里是被科技扭曲的世界，你们就等着受死吧！”

展昭怒目而视：“休要猖狂！”

艾莉丝一挥手，一群机械怪兽凭空出现，向众人扑来。

胖虎吓得哇哇大叫：“这也太可怕啦！”

小夫则躲在静香身后，瑟瑟发抖。

小玉毫不畏惧，与展昭并肩作战，与机械怪兽展开激烈搏斗。

王朝马汉张龙赵虎也纷纷施展拳脚，加入战斗。

神秘女子灵儿再次施展法术，一道道光芒射向机械怪兽，暂时压制住了它们的攻势。

老爹拿出一瓶神秘的药水，对着机械怪兽扔去，药水爆炸，释放出一股强大的能量，将几只机械怪兽炸飞。

然而，就在众人以为局势有所好转时，艾莉丝启动了一个巨大的能量装置，整个空间开始剧烈震动，仿佛要崩塌一般。

“不好，这装置会毁灭一切！”公孙策喊道。

包拯冷静地说：“大家不要慌，一定有办法阻止它！”

小叮当急忙在口袋里翻找着，突然眼睛一亮：“找到了！”他拿出一个小巧的遥控器，上面有着复杂的按钮。

“这是我在未来世界找到的，可以控制任何科技装置的万能遥控器！”小叮当兴奋地说。

就在小叮当准备按下按钮时，成龙喊道：“小心，可能有陷阱！”

但已经来不及了，小叮当按下了按钮，却发现那竟然是一个自毁程序的启动开关。

“哎呀，糟糕！”小叮当吓得脸色苍白。

就在这千钧一发之际，特鲁凭借着他巨大的力量，冲向能量装置，用身体死死地抵住了即将爆发的能量。

包拯喊道：“大家一起帮忙！”

众人齐心协力，终于成功关闭了能量装置，化解了危机。

正当大家松了一口气时，又一个反转出现了，艾莉丝突然消失不见，而黑暗博士却出现在了众人面前。

黑暗博士大笑道：“这只是个开始，游戏还没结束！”