接着出兵伊犁河谷，在巩乃斯草原击败准噶尔军队，重新控制伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。

经过一系列战争，叶尔羌汗国占领塔什干和费尔干纳盆地。叶尔羌汗国大体恢复到赛依德时期的疆域。

叶尔羌汗国后期，陷入严重的教派斗争之中。1680年，伊善教派的白山派首领联合准噶尔可进军叶尔羌，叶尔羌汗国灭亡。

察合台汗国统治河中地区、新疆地区百余年，曾经富裕而安详。建立它的是蒙古人，让它忍受战乱之苦的也是蒙古人，真正推倒它的也是蒙古人。

帖木儿帝国是西察合台蒙古贵族帖木儿于1370年在中亚河中地区的建立的帝国。首都最初为巴里黑，后相继迁都撒马尔罕、赫拉特。

帝国鼎盛时期疆域，北起锡尔河、咸海，南至阿拉伯海、波斯湾，横亘从小亚细亚到印度德里的西亚、中亚、南亚地区以及费尔干纳盆地。

帖木儿去世后，其子孙相互争夺王位，帖木儿帝国逐渐走向分崩离析。

1500年，帖木儿帝国被乌兹别克族首领昔班尼灭亡，建立布哈拉汗国昔班尼王朝。帖木儿五世孙巴布尔败逃至喀布尔，并在南亚开创了莫卧儿帝国。

金帐汗国又称钦察汗国，由成吉思汗长子术赤之次子拔都于1243年所建，都城拔都萨莱，位于在阿斯特拉罕以北120公里的谢利特连诺耶。

由于拔都的大帐使用金顶，因此在欧洲史书中称作金帐汗国。

金帐汗国第九代大汗月即别汗即位后，迁都伏尔加格勒附近的新萨莱。月即别汗建立了中央集权，与伊利汗国、埃及等国通好，对外贸易兴隆，金帐汗国达到了极盛时期。疆域东起额尔齐斯河，西至匈牙利、波兰一带。

14世纪后期，蒙古贵族对外不断进行掠夺战争，内部又互相争斗，使汗国走向衰落和瓦解。花剌子模、克里木、保加尔逐渐从金帐汗国中分裂出去，金帐汗国同时又遭到中亚帖木儿帝国的侵袭。

15世纪中期后，金帐汗国正式分裂为东部的哈萨克汗国、西部的喀山汗国、克里米亚汗国、阿斯特拉罕汗国、 西伯利亚汗国、诺盖汗国、大帐汗国等政权。

金帐汗国的正统汗位由大帐汗国继承，但他的实际地位同于其他汗国。大帐汗国位于乌拉尔河和第聂伯河之间的草原，首都萨莱，取代金帐汗国原中央部分。

1502年，末代大汗赛克赫阿里被克里米亚汗国击败，金帐汗国灭亡。克里米亚汗国成为金帐汗国继承人。