辽阳这边，李光荣身为辽东镇总兵带着标兵营驻守辽阳，参将祖大寿带着一个营驻守在新成立的长安县，而另一个参将赵率教则带着一个营的兵力驻守在新成立的鞍山县，也就是原来的鞍山驿。

祖大寿之前虽然多次被李永芳派过来的人拉拢反水，但他一直没有急于表态，等沈阳之战一结束，他立马将前来拉拢之人抓住并交给了熊廷弼，算是向熊廷弼交了一份投名状，这不他的官职，也从原来的游击升为了参将。

至于广宁那边，副将也就是副总兵刘渠带着他的奇兵营驻守辽阳，黑山县则是交由游击将军何可刚驻守，另一个驻地义州则是由参将朱梅驻守。

而原来一直驻守在西平堡的参将罗一贯，则被都督府调回西山武学进行为期半年的进修，与他同行的还有一千多家丁。

卫所整改，则交给各地驻守营兵将领与知府协商解决，土地也按照商议的标准分发了下去。

而原来被武将们侵吞的土地，在熊廷弼强势蛮横的要求下，基本都吐了出来。

那些不配合的武将，基本都被熊廷弼逐出了军队，贬为庶民。

对于熊廷弼在辽东的强势整改卫所，肯定会触动绝大部分武将的利益，而且还会触动一些被武将攀附的文官利益，这些武将不能将熊廷弼如何，却能请求他们所攀附的文官来对付熊廷弼。

对于挂兵部尚书衔的熊廷弼，一般文官肯定无法对其直接下手，他们采用了最常见的上疏弹劾。

对于这些弹劾的官员，朱由校连问都懒得过问，直接将名单交给东厂、锦衣卫与内阁，由他们对这些人进行调查。

而熊廷弼那边，朱由校亲笔写了封鼓励信，让人送去了辽阳。

赶在秋收结束前，熊廷弼终于处理完了辽东卫所、营兵与布政司架构的整改或组建，但他没有急于一时返回京城，而是坐镇辽阳，为正在进行的秋季攻势稳定后方，并做好粮草军械的调拨之事。