随着巡盐御史对都转运盐使权力的不断侵夺，到嘉靖初年，巡盐御史开始成为凌驾于运使之上新的最高盐业管理者。

嘉靖七年，巡盐御史王舜耕以灶丁贫困，令运司将纸米价银并粟谷量行给散，全活甚夥。

从而，运司官员已经沦为巡盐御史的下属，听其指令。

嘉靖年间，史起蛰在其所撰《两淮盐法志》中曾这样概括巡盐御史的职权：

上命监察御史一人，秩正七品。

御史之职掌：察两淮盐策之政令，监临司使，平惠商灶。

凡盗煮私鬻阻坏盐法者，则督令官军捕扑之。

盐粮发运，自兖、济距留都河渠兼理之，无使壅滞。诸司之事有所兴革，咸请于御史审允之而后行，御史乃视其成，校其功状殿最、参其德行、量其材艺而荐纠之，以奉行其制命焉。

《两淮盐法志》概括的职权，大致可以归纳为监察考核运司官员、巡捕私盐、管理河道、完善盐务管理四个方面，几乎涵盖了盐务管理的所有环节，以前巡盐御史亲自负责的稽查私盐工作，已变成督令官军捕扑之，成为巡盐御史职责的次要方面。

此时的运使已完全处于从属地位，只是谨受巡盐御史之政令而申励焉，巡盐御史成为完全意义上的各地最高盐业管理者。

也正因此，作为盐业管理事实上的长官，巡盐御史多被时人称为‘盐官’或‘盐院’。

自嘉靖朝时起，作为凌驾于各地运司之上的盐业管理最高长官，巡盐御史对于统一盐政事权、处理各地盐务问题，特别是保障盐业产销、稳定国家盐利收入有着决定性的影响。